Dr. Mikao Usui znovuobjevil léčebnou metodu Reiki ve druhé polovině devatenáctého století. Jeho objev byl výsledkem mnohaletého hledání metody používané Buddhou pro léčení fyzických nemocí.
Dr. Usui cestoval Japonskem; studoval v budhistických chrámech; vyptával se různých budhistických sekt, zda byly schopny léčit tělo tak, jako toho byl schopen Buddha. Odpověď byla, že kdysi věděli, jak léčit tělo, ale tato informace se ztratila už dávno, když se soustředili pouze na léčení ducha.
Během svého hledání byl Dr. Usui pozván, aby zůstal a studoval svaté písmo, neboli sutry v Zen klášteře v Kyotu, kde se naučil čínsky a později sanskrt, aby mohl číst sutry v jejich původním jazyce. Bylo to v indických sutrách psaných sanskrtem, kde objevil formuli, jež byla klíčem k léčení těla. Avšak pouhá znalost této formule mu nedala schopnost léčit.
Během meditací mu bylo řečeno, aby šel na svatou horu Koriyama a meditoval a postil se po jednadvacet dní; během této doby získá osvícení, které potřebuje. Na hoře položil před sebe jednadvacet kamenů a každý den odhodil jeden. Jednadvacátého dne, během nejtemnější části noci těsně před svítáním, když odhodil poslední kámen z hory, daleko na východě se objevilo světlo. Začalo se zjasňovat a blížilo se k němu velkou rychlostí. Zvětšovalo se a zvětšovalo a nakonec ho uhodilo doprostřed čela. Myslel, že zemře, když náhle uviděl malé bublinky světla naplněné barvami. V bublinkách byly sanskrtové symboly, které byly klíčem k léčení. To byl počátek Usuiho systému Reiki.
Dr. Usui praktikoval a učil Reiki po Japonsku po zbytek svého života. Před svým přechodem kolem r. 1930, předal mistrovský stupeň Reiki šestnácti učitelům, jedním z nichž byl Dr. Chujiro Hayashi.
Dr. Hayashi vytvořil první kliniku Reiki v Tokiu. Také vytvořil standartní pozice rukou, systém tří stupňů a procedury zasvěcení. Dr. Hayashi vycítil, že se blíží velká válka a věděl, že většina mužů bude povolána. Aby zajistil zachování Reiki, rozhodl se vyškolit dvě ženy: svou manželku a Hawayo Takatu. Takata, která žila na Havaji, se stala hlavní nositelkou učení Reiki ve Spojených státech a v Kanadě.